C'est en 1826 que cinq notables, férus de botanique acquièrent un beau terrain boisé, aéré et bien alimenté en eau, situé entre la Porte de Schaerbeek et la Porte de Cologne. Terrain sur lequel se crée un ensemble abritant des collections de plantes, des serres et des orangeries. La construction est entamée dès novembre de la même année, sur base de dessins du peintre Pierre-François Gineste.
Inauguré le premier septembre 1829, le Botanique domine alors un domaine de plus de six hectares, aménagé par l'architecte de jardins Petersen.
C' était sans compter sur la situation d'un jardin botanique installé au coeur d'une capitale en plein développement.
Saccagé une première fois lors de combats pour l'indépendance belge en 1830, le Jardin Botanique de Bruxelles devra très vite se défendre contre les projets d'expropriation de plus en plus menaçants. Suite à ces problèmes, l'Etat se porte acquéreur des lieux en 1870 et le sauve provisoirement. Rebaptisés les Jardins botaniques de l'Etat, ils maintiennent leur vocation de conservation, de recherche et de pédagogie.
Depuis 1935, les grands travaux de jonction Nord-Midi d'abord, le percement du métro et du tunnel qui traversent la ville ensuite, amputent cette oasis de verdure de deux hectares de jardin. Dès 1938, le bruit et la pollution deviennent un danger pour les collections qui sont transférées au domaine de Bouchout à Meise, hors de la ville.
Il faut attendre 1964 pour que le Jardin Botanique et son bâtiment néo-classique soient enfin classés, au grand soulagement de leurs défenseurs.
Après une longue période de léthargie, le Botanique renaît à la vie en 1978, avec le transfert du bâtiment au Ministère de la Communauté française, qui décide d'y établir un centre culturel. En février 1979, le Ministère compétent marque son accord sur le projet de rénovation, qui s'attache à concilier les fonctions nouvelles du Botanique avec l'architecture originale du site. Témoin de ce lien entre le passé et le présent : on conserve les dénominations de certains locaux comme l'Orangerie, la Rotonde, le Musée.
Restauré et aménagé, le Botanique abrite depuis 1984 le Centre Culturel de la Communauté Française Wallonie-Bruxelles dont les activités et le succès lui donnent une nouvelle jeunesse et un avenir désormais européen.